Pri Simonovem zalivu so v morju potopljeni ostanki nekdanjega pomola iz rimskega obdobja, ko je bilo tu locirano pristanišče Haliaetum. Prvotno naselje je bilo postavljeno južneje od sedanjega. V času preseljevanja ljudstev je bilo uničeno, prebivalci pa so se zatem ustalili na nekdanjem otoku. Izola je prvič omenjena leta 972, ko jo je cesar Oton I. Velikiizročil v fevd. Mesto je bilo v lasti oglejskih patriarhov še pred 977, med letoma 1280 in 1797 pa je bilo pod beneško 
oblastjo. Po propadu beneške republike je za kratek čas spadalo pod Napoleonovo Francijo. Od leta 1797 do leta 1813 so si Francozi in Avstrijci podajali celotno ozemlje Istre, prav tako Izolo. Po Napoleonovem porazu v Rusiji je Izola ostala pod Avstrijsko nadoblastjo vse do konca prve svetovne vojne leta 1918. Od 1918 do 2. svetovne vojne je bila s preostalo slovensko Istro v okviru Italije, med letoma 1945 in 1954 pa je bila del cone B Svobodnega tržaškega ozemlja. Nato je prešla pod Jugoslavijo. Z osamosvojitvijo Slovenije leta 1991 je postala slovensko obalno mesto. Po osamosvojitvi je občina Izola leta 1995 zamenjala stari občinski grb iz leta 1987 z novim, ki je še dandanes v veljavi.